ChIP-seq
染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)是指利用染色质免疫共沉淀技术特异性的富集与目的蛋白结合的DNA 片段，分离纯化出DNA 片段后构建文库并进行高通量测序。通过ChIP-Seq可将测序得到的数百万条序列标签精准的定位到参考基因组上，在全基因组范围内定量获取与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA 区域信息，分析疾病相关表观遗传变异。
技术路线：
技术参数：
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样本要求 |
测序策略 |
交付周期 |
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样品类型: DNA样品 |
测序模式：Illumina/MGI PE150/SE50 |
45天 |
产品优势：
a.微起始量建库技术，建库起始量低至5ng;
b.除了标准分析和高级分析，提供定制化分析服务
案例一 小鼠胚胎干细胞中SETDB1独立调节H3K9三甲基化过程中发育相关基因PRC2活性
研究背景：
SETDB1是一种负责甲基化H3赖氨酸9(H3K9)的甲基转移酶，并参与维护胚胎干细胞(ES)和早期胚胎发育的小鼠。然而，在发育过程中SETDB1如何调节基因表达，很大程度上是未知的。
研究内容：
研究首先用ChIP-seq对H3K9me3做了4个重复，结合前人的SETDB1 ChIP-seq 实验数据进行比对，得到了两种SETDB1 peaks位点：solo peaks和ensemble peaks。对solo peaks位点靶基因进行GO分析，发现大部分基因富集在神经发育调节功能中，而这部分基因又与核心蛋白复合体(PRC2)相互关联。PRC2结合位点附近一般伴随着丰富的H3K27me3修饰，H3K27me3修饰会抑制SETDB1修饰H3K9me3。通过SETDB1敲除，发现H3K27me3减少，神经分化得到促进。
研究结果：
1. 研究通过比对先前的SETDB1 ChIP-seq数据，发现peaks有两种类型solo peaks和ensemble peaks;
2. SETDB1 solo peaks 靶基因富集在发育调节通路;
SETDB1 solo peaks GO分析和验证
3. 部分SETDB1 solo peaks位点与PRC结合位点重叠;
4. H3K27甲基化抑制SETDB1介导的H3K9me3修饰;
5. SETDB1与EZH2修饰H3K27甲基化间的相互作用。
参考文献：
Fei Q, Yang X, Jiang H, et al. SETDB1 modulates PRC2 activity at developmental genes independently of H3K9 trimethylation in mouse ES cells [J]. Genome Research, 2015, 25(9):1325-1335.
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