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(1)胞外囊泡的鉴定(流式+单细胞测序)  

胞外囊泡(EV)被认为是疾病诊断中潜在的无创生物标志物和药物传递中的介质,具有高度的异质性。单个EV的转录组研究对于更好地定义EV的特征、EV亚群和临床应用具有重要价值。而对于EV的鉴定和浓度评估,是单细胞测序能成功上机的关键步骤。使用流式的手段将EV进行尺寸定位,并对完整性囊泡进行计数,调整合适浓度用于后续单细胞测序。

 

(2)肿瘤免疫微环境的研究(流式+单细胞测序+空间转录组+多色免疫荧光)

肿瘤微环境是肿瘤细胞赖以生存和发展的复杂环境,肿瘤细胞逃避免疫细胞的攻击而生长迅速并进行转移,易复发,且预后差。针对肿瘤微环境的免疫研究内容很多,例如除从细胞层面研究T、B等细胞的免疫活性,也有大量结合空间位置来研究如生发中心TIL-B及三级淋巴结构(TLS),其增加与肿瘤治疗的良好预后相关。

 

(3)植物基因组大小检测(流式+测序)

基因组大小或称C值(C-value)是指真核生物单倍体基因组所含的DNA总量,具有物种相对特异性和稳定性,是生物基因组多样性的基本参数。流式检测是比较快速且有效鉴别植物基因组大小的方法,进一步在本公司测序平台进行精准评估。

 

项目优势:

武汉样本库多组学平台,在近10年的技术创新上,博士团队带队,积累了大量项目经验。多组学平台具体包括细胞、测序、蛋白三大板块,配备有流式、多色免疫荧光、高通量测序、单细胞测序、空间转录组学、质谱、核磁、Olink蛋白组等中、大型设备。可实现基因组、表观组、转录组、蛋白组、代谢组等多组学联合研究。

对接超百余种组织样本,开发组织解离方法,解决样本无法上机受限步骤。专业生信分析团队,定制化分析策略。全方法一站式技术服务、到数据报告,到助力解答审稿意见,推进论文的接收与发表。同时也助力多位临床科学家在顶级期刊上发表了多篇高水平科研论文。

 

项目周期:整体项目,一项一议

(1)胞外囊泡的鉴定(流式+单细胞测序)   

署名文章:Transcriptomic Features in a Single Extracellular Vesicle via Single-Cell RNA Sequencing.

发表期刊:Small Methods

样本类型:人慢性髓系白血病细胞系K562和间充质干细胞(MSC)的胞外囊泡(EV)

应用技术:流式细胞术、单细胞测序

文章概述:本文使用武汉样本库的流式与单细胞测序平台,从来自人类K562和间充质干细胞(MSC)的单个EV中分析了RNA载体。关键步骤是使用calcein-AM标记完整的EV,通过流式细胞术检测EV浓度,并使用具有自适应阈值的CB2算法来有效区分真实的EV和背景。研究发现血红蛋白基因在K562-EV中具有独特的高表达,而细胞骨架基因在MSC-EV中富集。在每个EV数据集中有10个或更多具有不同标记基因的聚类显示EV异质性。此外,整合EV及其亲代细胞,可以发现每个簇中的EV和细胞,表明不同EV的细胞来源不同。据作者所知,本研究提供了首个单个EV水平的高通量转录组,并提高了人们对EV的理解。

 

 

技术路线图:

 

 

 

(2)肿瘤免疫微环境的研究(流式+单细胞测序+空间转录组+多色免疫荧光)

参考文章:Ruffin AT, et al. B cell signatures and tertiary lymphoid structures contribute to outcome in head and neck squamous cell carcinoma.     

发表期刊:Nature Communications

样本类型:HPV-HNSCC与HPV+ HNSCC患者配对的PBL和TIL

应用技术:流式细胞术、单细胞测序、多色免疫荧光等

文章概述:现阶段的免疫疗法大部分都旨在促进 CD8+ T细胞的免疫活性,但体液免疫对抗肿瘤免疫的贡献仍未得到充分研究。在这篇文章中,作者证明 HPV+和 HPV-头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的肿瘤浸润B细胞TIL-B具有不同的转录特征,并且在HPV+ HNSCC患者中生发中心(GC) TIL-Bs 和含有生发中心的三级淋巴结构(TLS)明显增加,这些现象都与HNSCC良好的预后相关。

此外,与其他TIL-B亚群相比,GC TIL-B上的SEMA4A表达增加,SEMA4A在免疫调节过程中有着重要作用。总体而言,这项研究证明了TIL-B 转录特征、表型和空间模式在 HNSCC 患者 TME 中的重要性,结果表明在HPV+ HNSCC中TIL-Bs和TLS有助于抗肿瘤免疫,并且可以在临床上有针对性地开发B细胞免疫疗法。



 

技术路线图:

 

 

 

(3)植物基因组大小检测(流式+测序)

基因组大小或称C值(C-value)是指真核生物单倍体基因组所含的DNA总量,具有物种相对特异性和稳定性,是生物基因组多样性的基本参数。流式检测是比较快速且有效鉴别植物基因组大小的方法,进一步在本公司测序平台进行精准评估。

 

(1)胞外囊泡的鉴定(流式+单细胞测序)   

 

EV尺寸定位及完整性EV的计数

 

(2)肿瘤免疫微环境的研究(流式+单细胞测序+空间转录组+多色免疫荧光)

 

流式检测不同的TIL-B表型

 

(3)植物基因组大小检测(流式+测序)

    

 

 

 

 

 

 

 

 

 

植物基因组大小检测流式图

 

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