全外显子组测序-武汉生物样本库有限公司-建设武汉国家级人类遗传资源库

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全外显子组测序

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送样须知

Q&A

①技术介绍

全外显子组测序（Whole exome sequencing，WES）是指利用序列捕获技术将外显子区域DNA进行捕获并富集后进行高通量测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异。虽然外显子区域不到全基因组的2%，但是却集中了大部分疾病的致病突变位点，外显子区域更容易做到更高深度测序，检测到更多低频和罕见变异，同时也能降低测序费用和存储空间。目前，外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中。

②技术路线

③测序平台：Illumina/MGI

④测序深度：推荐100X

⑤交付周期：20个工作日

⑥产品优势

1.靶向捕获特异性高：主流外显子探针和捕获平台，捕获效率稳定，外显子区域覆盖全面，捕获特异性高；
2.周期快、稳定性高：行业先进测序与分析平台，服务高效推进，最快10个工作日交付数据；严格把控数据质量，交付数据 Q30≥85%，为后续分析提供高水准数据支撑；
3.样本数据溯源：样本流转、上机测序、数据分析全环节管理，构建样本与数据双重追溯体系，从根本上保障测序数据的真实性、可靠性。

多区域全外显子组测序揭示了胆管癌（CCA）的肿瘤异质性

研究背景：

胆管癌（CCA）是一种包括多种类型肿瘤的疾病，是第二常见的原发性肝癌，在东南亚发病率较高，CCA的确切病因至今仍不确定，然而在东南亚国家感染了肝吸虫的人群与CCA疾病的发展密切相关。CCA患者通常在晚期被诊断出来，限制了治疗选择和预后，因此，开发CCA的新治疗方案正面临严峻的挑战。

研究方法：

从肿瘤和邻近组织中提取DNA后，使用Agilent SureSelect V6外显子探针构建文库，然后使用NovaSeq 6000平台进行外显子组测序分析。测序数据与参考人类基因组进行比对，以检测体细胞单核苷酸变异（SNV）、体细胞拷贝数改变（SCNA）和突变特征。对体细胞突变数据进行统计分析，以推断CCA个体的亚克隆。

研究成果：

1.获得多区域外显子组测序的13例CCA患者的突变谱。变异分类的结果表明，大多数变异分类是错义突变，在总共4810个非同义突变中，有3902个突变，其余的非同义突变为244个无义突变、281个剪接位点变异以及298个缺失和81个插入。

2.CCA患者的肿瘤内异质性程度表现出显着差异，使用体细胞单核苷酸变异（SNV）创建了一个肿瘤多区域树，ERBB2等靶向突变强调了个性化治疗的可能性

3.通过对13例患者的52例肿瘤样本和13例癌旁组织进行多区域全外显子组测序，数据展示出显著的瘤内异质性和患者间异质性。ERBB2 靶向突变强调了个性化治疗的可能性，这些发现强调了针对疾病流行地区个性化治疗策略的必要性。

参考文献：

Sitthirak S , Wangwiwatsin A , Jusakul A ,et al.Whole exome sequencing of multi-regions reveals tumor heterogeneity in Opisthorchis viverrini-associated cholangiocarcinoma[J].Scientific Reports, 2025, 15(1).DOI:10.1038/s41598-025-95142-3.

组织样本
1.新鲜组织：取长宽高均0.5cm左右的小块（黄豆大小），组织量要求：>200mg。PBS缓冲液清洗干净并擦干表面水分，液氮速冻后用封口膜封口，-80℃保存或液氮中长期保存。
2.血液：EDTA抗凝管（紫色盖子）或加EDTA/柠檬酸钠抗凝剂的管子接收新鲜血液，反复颠倒混匀，血液量要求：≥1mL。-80℃保存，避免反复冻融。
3.细胞系：收集≥1×106个细胞，离心弃上清，细胞沉淀用PBS缓冲液重悬，重悬液离心弃尽上清，液氮速冻1h后-80℃保存或液氮中长期保存。

核酸样本
1.样品类型：无降解且无蛋白和RNA污染的DNA溶液（针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况，需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量）；
2.样品需求量：≥1 µg；
3.样品浓度：≥20 ng/µl；
4.样品纯度：OD260/280= 1.8~2.2

样本运输
1.组织与细胞样本：建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品，并用封口膜封口；大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫，干冰运输至实验室。
2.血液样本：建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载，干冰运输至实验室。
3.核酸样本：建议使用质量好的1.5ml低吸附EP管装载样品，并用封口膜封口。为了防止样品污染和混乱，请不要使用诸如PCR管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样，冰袋运输至实验室。

Q1:外显子捕获效率是什么？

A1:全外显子组测序过程中要用到杂交过程。在人的染色体上有许多与外显子有同源性的部分，这些有同源性的部分很可能在杂交过程中也被捕获下来。所以在测序得到的序列中，有一部分并不是外显子序列。我们把测序数据中外显子的部分占全部测序数据总量的比例称为捕获效率。

Q2:全外显子组测序一般推荐的测序深度是多少？

A2:深度根据客户/合作伙伴的研究目的和样品数量而定。一般建议有效测序深度至少大于100X以上。现有文献已报道，全外显子组测序的深度影响变异检测率，随着测序深度的升高，变异检出率会增大，且达到一定深度时，变异检测达到平稳状态。

Q3:肿瘤研究推荐测序深度？肿瘤样品如何选对照样品？

A3:癌组织推荐200X以上，癌旁推荐100X以上，具体根据客户研究目的及经费情况可以调整。对于全外显子组测序，实体瘤一般选择癌旁或者血液作为对照，血液肿瘤可以选口腔细胞或者皮肤作对照组。