FFPE样本空间转录组测序-武汉生物样本库有限公司-建设武汉国家级人类遗传资源库

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FFPE样本空间转录组测序

产品描述

案例解析

结果展示

送样须知

Q&A

①技术介绍

Visium FFPE空间基因表达是基于探针杂交的原理，从FFPE组织样本中获得组织的空间基因表达图谱，在形态学背景下实现真正的原位检测。该技术首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织形态学染色和成像，然后利用Visium基因芯片上的探针进行定量表达。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冰冻组织样本一样利用完整mRNA具有的poly(dA)序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针(RTL)与mRNA杂交，左侧探针(LHS)具有部分Read 2序列，右侧探针(RHS)具有合成的poly(A)序列，左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。通过组织透化，被连接的成对探针与芯片上包含Barcode、UMI和poly(dT)序列的引物序列捕获，然后携带空间Barcode的探针序列用于文库构建和测序，从而获得基因表达信息及空间位置信息。

探针捕获图

FFPE样本空间转录组测序芯片原理

②技术路线

1.实验流程

FFPE样本空间转录组测序实验流程

2.分析流程

FFPE样本空间转录组测序分析流程

③应用方向

1.肿瘤异质性

2.组织形态学

3.组织发育机制

4.治疗干预反应

5.生物标志物发现

6.细胞图谱

④产品优势

1.专业的项目经验：针对FFPE样本特性搭配专属脱蜡方案与优化的杂交与捕获方案，在最大限度保留组织病理形态与空间定位信息的同时，有效降低背景噪音，实现碎片化RNA的高效捕获，检测数据可信度高；
2.多技术平台联用，实现多维度分析：支持与HE、免疫荧光技术联用，实现蛋白表达水平与组织形态、基因表达的空间可视化分析；支撑多维度、多层面的研究视角。

肾透明细胞肿瘤三级淋巴结构产生抗肿瘤活性的浆细胞并促进其传播
肿瘤微环境中的三级淋巴结构（tertiary lymphoid structures，TLS）与患者预后改善及免疫治疗敏感性存在显著关联。值得注意的是，尽管TLS的功能机制尚未完全阐明，但已有证据提示其可能通过调控B细胞介导的适应性免疫应答发挥作用。

本文研究者使用24 例渗透明细胞癌（ccRCC）原发肿瘤上分别为新鲜组织的冷冻包埋样本（fresh frozen，FF，n = 12）和FFPE样本（n = 12）进行空间转录组测序来检测TLS与B细胞的关系。研究发现，三级淋巴结构（TLS）内存在显著的B细胞富集，并观察到这些B细胞逐步分化为浆细胞（PC）。进一步分析表明，TLS中的免疫细胞表现出更高的克隆多样性，同时具有更强的克隆选择和扩增能力。在TLS阳性肿瘤中，PC分泌的IgG和IgA水平明显升高，并沿着成纤维细胞网络在肿瘤内部分布。值得注意的是，IgG与肿瘤细胞凋亡密切相关，提示TLS可能通过这一机制发挥抗肿瘤作用，并与免疫治疗的良好疗效相关联。

参考文献：

Meylan M, Petitprez F, Becht E, et al. Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer. Immunity. 2022;55(3):527-541.e5. doi:10.1016/j.immuni.2022.02.001

FFPE样本空间转录组测序送样标准
样本类型
目前只支持人、小鼠的FFPE样本。

运输方式
4℃运输。蜡块单独放入蜡块盒或离心管，标注样本ID、部位、固定时间、蜡块编号，放入气泡袋防震，避免碎裂；切片贴在载玻片，用玻片夹或玻片盒固定，防潮，切片放入切片管，保持干燥、密封。

Q1：除了人和小鼠的FFPE样本，还支持其余物种的FFPE样本的空间转录组测序吗?

A1：不支持。目前FFPE样本只支持人和小鼠的空间转录组测序。Visium FFPE空间基因表达解决方案为针对人和小鼠的基因设计一对捕获探针，覆盖人18,000个基因、小鼠20,000个基因。