lncRNA测序-武汉生物样本库有限公司-建设武汉国家级人类遗传资源库

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lncRNA测序

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送样须知

Q&A

①技术介绍

长链非编码RNA（long noncoding RNA， lncRNA）是一类长度大于200 nt 的非编码RNA，广泛存在于各种生物体内，在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用。lncRNA与动植物的生长发育、人类的疾病发生有着密切关系，也可作为疾病诊断的标志物或是重要靶点。利用高通量测序技术进行lncRNA测序，可快速准确地发现那些具有重要调控功能lncRNA，分析其与特定生物学过程的关系，深入探索lncRNA的功能及其表达调控机制。

②技术路线

③技术参数

检测区域：total RNA中的长链非编码 RNA、mRNA与环状RNA等

建库方法：核糖体去除法构建RNA文库

文库性质：链特异性转录组文库

测序策略：NovaSeq6000 PE150，推荐10G

长链非编码RNA RSDR 通过与hnRNPK相互作用调控DHODH介导的铁死亡从而保护小鼠免受急性肾损伤
研究背景：
长链非编码 RNA （lncRNA）因其在基因表达、表观遗传修饰和应激反应中的调控作用而受到越来越多的关注。值得注意的是，lncRNA 与肾脏疾病的发生发展有关。最近的研究表明，lncRNA 参与了 AKI 的病理生理学，其作为早期诊断标记物的潜力引起了人们的极大兴趣。

研究方法：
研究者建立顺铂诱导（Cis-AKI）和缺血再灌注损伤（IRI）两种AKI小鼠模型，对肾脏组织进行高通量测序，筛选差异表达lncRNA；通过交集分析确定共同差异lncRNA，结合肾脏表达量和折叠变化筛选候选lncRNA；利用RT-qPCR验证表达变化，通过数据库和组织特异性检测分析RSDR的组织分布；通过CPAT、CPC、LGC等工具预测其编码潜力；采用FISH荧光共定位确定亚细胞定位。

研究成果：

1.两种模型中鉴定出87个共同差异表达lncRNA，其中XLOC_032768（命名为RSDR）在AKI中显著下调，且具有肾脏特异性表达。
2.RSDR无蛋白编码潜力，主要定位于肾近端小管上皮细胞的细胞核，在三种损伤模型（顺铂、IRI、CLP）的肾脏组织和近端小管上皮细胞中表达均显著降低。
3.AKI患者尿液RSDR水平显著低于对照组，且与Scr、BUN呈负相关，与eGFR呈正相关；逻辑回归模型结合RSDR等指标的AUC达0.864，提示RSDR可作为AKI的潜在诊断标志物。

总结：

该研究鉴定出一种肾脏特异性lncRNA RSDR，发现其在急性肾损伤模型中显著下调，通过与RNA结合蛋白hnRNPK相互作用，形成正反馈环路促进DHODH转录，进而抑制肾小管上皮细胞铁死亡。临床样本分析显示，AKI患者尿液中RSDR水平显著降低，具有潜在诊断价值。这一发现揭示了lncRNA介导的表观遗传调控与铁死亡交叉对话在急性肾损伤中的作用，为疾病诊断和治疗提供了新靶点。

参考文献：

Li B, Lin F, Song B, et al. The long non-coding RNA RSDR protects against acute kidney injury in mice by interacting with hnRNPK to regulate DHODH-mediated ferroptosis. Nat Commun. 2025 Aug 12;16(1):7483. doi:10.1038/s41467-025-62433-2..

lncRNA测序送样标准
组织样本
1.动物组织：内脏组织、脑组织≥0.1g，皮肤、血管等其他组织≥0.3g；
2.培养细胞：数量≥1×10⁶个；
3.全血：≥1 mL 新鲜全血收集的淋巴细胞，≥1 mL Paxgene Blood RNA tube，≥5 mL 加入trizol后的新鲜全血。

核酸样本
1.动物/人：总量≥1ug，浓度≥50ng/ul，RIN≥7，OD260/280=1.8~2.2，无DNA、蛋白/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠；
2.植物：总量≥3ug，浓度≥60ng/ul，RIN≥6，OD260/280=1.8~2.2，无DNA、蛋白/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠；
3.微生物/昆虫：总量≥2ug，浓度≥60ng/ul，RIN≥6.5/NA（昆虫），OD260/280=1.8~2.2，无DNA、蛋白/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠

样本运输
1.组织与细胞样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品，并用封口膜封口；大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫，干冰运输至实验室。
2.对于血液样品，建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载，干冰运输至实验室。
3.核酸样品建议使用质量好的1.5ml低吸附EP管装载样品，并用封口膜封口。为了防止样品污染和混乱，请不要使用诸如PCR管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样，干冰运输至实验室。

Q1：什么是长链非编码RNA？它起到什么作用？

A1：哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。长链非编码RNA为非编码RNA中长度大于200nt的部分。它们的作用主要体现在四个方面：一、影响周边基因的表达；二、调控蛋白质活动及定位；三、产生小分子RNA；四、对其他RNA起到调控作用。