单细胞ATAC测序

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①技术介绍

单细胞ATAC-seq就是从单细胞水平上研究染色质开放性,主要用于转录调控序列的检测,结合单细胞RNA-seq,可以分析出基因组中所有活跃转录的调控序列。该技术已经被广泛应用于多个研究领域,例如:肿瘤异质性研究、基因调控网络分析、细胞谱系示踪、生物标记物发现等。

ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)主要利用Tn5转座酶,对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,然后添加引物进行高通量测序,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。

                                                                                                            ATAC-Seq原理图

单细胞ATAC-Seq技术依托10x Genomics平台核心的微流控技术,将序列标签区分群体中不同细胞的特征与ATAC-Seq技术相结合,从而为成千上万个单细胞构建染色质可接近性图谱。

                                                                                                10x Genomics单细胞ATAC-Seq原理图

 

②技术路线

1.实验流程

                                                                                                10x Genomics单细胞ATAC-Seq实验流程

2.分析流程

                                                                                                    单细胞ATAC分析流程图

 

③应用方向

1.研究细胞异质性

2.探索生物标志物

3.定义细胞类型

4.构建基因调控网络

 

④产品优势

1.样本处理经验丰富:技术团队拥有丰富的样本处理与细胞核捕获实操经验,可适配细胞系、原代细胞、新鲜样本、冻存样本等多种样本类型;
2.一站式服务流程:提供从样本解离、流式分选、磁分选、单细胞核悬液制备、文库构建,到高通量测序、生信数据分析的完整服务流程。